Le journal se compose d'une suite de lettres adressées à une amie imaginaire, Kitty, du 14 juin 1942 au 1er août 1944. L'écrivain et héroïne Anne Frank, est une jeune juive de treize ans. Ses parents, des commerçants allemands, se sont réfugiés en Hollande dans l'espoir d’échapper à la persécution nazie.

Anne Frank vit son existence insouciante d'écolière coquette, filant de petits flirts, fêtant son anniversaire en compagnie de ses amis. Mais ce bonheur ne saurait durer. En juillet 1942, les Frank sont placés devant un choix vital : obéir à l'appel de la Gestapo, qui somme tous les juifs de se livrer, ou bien de s'y dérober. Ils optent courageusement pour la deuxième solution et décident de se cacher, aidés par leur amis Miep et Elli, dans l'Annexe, un pavillon d'arrière-cour d'un immeuble d'Amsterdam. Commence alors une vie de réclusion, avec tout ce que cela comporte de contraintes, en particulier le manque d'intimité.

C'est cette cohabitation de deux familles qu'Anne Frank décrit, au jour le jour, saisissant malgré son jeune âge la complexité des relations humaines. Dans cette prison humide, la petite fille grandit, devient une jeune femme coquette, sensible aux avances du jeune Peter, lit énormément et se confie à son journal. Cependant qu'elle note l'évolution de la situation et la montée du danger, elle ne cesse de s'observer. Avec la plus grande lucidité, elle capte les nuances de son humeur : alternance de gaîté et de désespoir, confiance dans son entourage puis prise de distance, notamment avec sa mère. Mais jusqu'à la fin, et malgré les crises de conscience, elle poursuivra sa recherche de sa vérité. C'est sur cette quête que le Journal s'achève tragiquement.

Le Journal n'est pas seulement le témoignage poignant d'une innocente confrontée à l'horreur nazie, mais aussi l’exercice quotidien d'une analyse de soi. Avec un mélange de maturité et de candeur, Anne Frank procède à la dissection des sentiments et des sensations à l'état brut. Sans jamais sombrer dans la complaisance, la jeune fille adopte au contraire un ton juste et sobre, pénétré d'un grand sens psychologique.

Les notes quotidiennes d'Anne Frank sont si justes de ton, si vraies que l'idée ne vient même pas à l'esprit qu'elle ait pu les écrire dans une intention de "Littérature", et encore moins qu'aucune "grande personne" ait pu les retoucher. D'un bout à l'autre l'impression qu'on éprouve est celle d'une authenticité indiscutable

Un des aspects les plus intéressants de ce témoignage tient à la place à la fois singulièrement réduite et cependant essentielle qu'y tient le sentiment religieux. Dans l'extrême péril où cette enfant se trouve, c'est bien rarement qu'elle se tourne vers le Dieu de ses pères et ce n'est jamais pour lui demander une immédiate protection. Au cours du journal, on la voit lire la Bible, mais, très certainement, sans enthousiasme extrême et avec pas mal de lenteur. De toute évidence, Anne Frank n'était pas ce qu'on entend par une âme religieuse.