La Fortune des Rougon met en place le décor, la petite ville de Plassans, la chute de la République et l’avènement du second Empire, et les personnages qui vont animer le cycle des Rougon-Macquart.
Les Rougon et les Macquart : deux familles ennemies dans la France des années 1580 qui vit l'écrasement de la République et l'avènement du Second Empire. Ainsi commence La Fortune des Rougon et, en même temps, le cycl des Rougon-Macquart. Dans le premier tome, le docteur Pascal fait des apparitions épisodiques ; il sera aussi le personnage du dernier livre ; il est un Rougon, mais il est aussi le regard de Zola, l'observateur, à la fois médecin et savant, le témoin qui entrevoit " l'avenir des Rougon-Macquart " comme une meute d'appétit lâchés et assouvis, dans un flamboiement d'or t de sang. Dès les premières pages du roman, le ton est donné, oscillant entre la grandeur épique et les intrigues de bas étages, entre les défenseurs de la République et l'union sacrée des légitimistes et autres alliés dont l'objectif est la quête du pouvoir et des richesses.
C'est dans une petite ville de province, Plassans, que Zola, en naturaliste, étudie les conséquences du coup d'Etat de 1851. Au coeur de l'intrigue, les deux familles, Rougon et Macquart, et entre les deux, à l'origine, Adélaïde Fouque, qui a épousé un Rougon, jardinir, mais qui a eu pour amant un Macquart, contrebandier et ivrogne. Il y a donc des enfants légitimes et des bâtards : le Rougon-Macquart, Pierre Rougon, un légitime a trois fils : Aristide, Eugène et le futur docteur Pascal. Côté Macquart, il y a Lisa, Gervaise et Jean. Les Rougon sont bonapartistes, sauf Pascal, indifférent à la politique. Les Macquart, eux, sont républicains, moins par idéal que par haine des Rougon. Pierre Rougon, pour accéder au pouvoir à Plassans et se faire le champion de l'ordre, fomente un faux complot républicain à la tête duquel, moyennement finance, il place son demi-frère Macquart. Machinerie sordide et avidité : le parti de l'ordre triomphe et, avec lui, les trois piliers de la société du Second Empire : famille, religion, propriété.
Zola, lui est résolument républicain, comme le docteur Pascal, qui finit par se rallier aux conjurés...
Dans la préface de La Fortune des Rougon, Henri Guillemin écrit...
" Un automatisme s'est établi, depuis trois quart de siècle à peu près, dans la critique officielle : Zola écrit mal ; Zola n'écrit pas ; un maçon musclé, pas un artiste..." On ne lit pas " disait Zola, vers la fin de sa vie. Et ce mot semblait une boutade, paradoxale, chez cet écrivain si jalousé de ses confrères pour l'énormité de ses tirages. C'était vrai. Lire ne veut pas dire dévorer, chercher le choc, courir aux morceaux de bravoure, aux pages culminantes, à ces violences de vérité pour lesquelles la foule se ruait sur Nana ou Germinal ou la Bête humaine. Lire veut dire avancer dans un écrit patiemment, ligne à ligne. Que de trouvailles on fait alors dans cette oeuvre immense de Zola où rien n'est bâclé..."