On peut diviser le roman en trois parties ; les vingt-cinq premiers chapitres ont pour centre le personnage Gargantua et insistent sur son éducation. Son premier maître, un théologien, Tubal Holoferne, lui prodigue un enseignement ridicule, fondé sur la mémoire mécanique et l'habitude. Grandgousier, le père de Gargantua, finit néanmoins par s'en apercevoir et envoie alors son fils à Paris pour y suivre les cours de l'humaniste Ponocrates. Celui-ci concilie les études théoriques, des études appliquées, une pratique des arts et des exercices physique. L'éducation rejoint enfin la vie et permet de la comprendre.  

Les vingt-trois chapitres suivants content la guerre picrocholine. Suite à une altercation entre marchands de Lerné et les bergers du pays de Gargantua, Picrochole, le roi des premiers, attaque Grandgousier. Cet épisode confronte les divers types de dirigeants : Gargantua a tôt fait de venir à bout de ce roi colérique et gouverné par ses passions. 

Gargantua fait bâtir l'abbaye de Thélème, que décrivent les huit derniers chapitres, pour les faits d'armes de son ami le frère Jean. Le style, résolument sérieux, confère à cette dernière partie de l'ouvrage un poids décisif.

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Les plaisanteries grossières ou satiriques, ne manquent pas : Rabelais cherche à faire rire. Mais le burlesque n'est pas le seul registre où s’exerce la verve de l'auteur. Celui-ci prend bien soin d'introduire par endroits de beaux développements rhétoriques d'une construction très rigoureuse.

D'autre part, les épisodes variés et bouffons sont généralement prétextes à une leçon d'humanisme. Gargantua devient un prince juste, non parce qu'il est de bonne race, mais parce qu'il a été bien élevé. De même, à travers l'ambition belliqueuse de Pichrocole, c'est le seigneur féodal et sa volonté de puissance que Rabelais critique. Enfin Thélème, l'abbaye sans règles et sans murailles, propose l'utopie d'une société sans lois qui, selon lui, serait plus favorable qu'une autre au plein développement de l'individu.

1532 : publication de Pantagruel - 1533 : censure de la Sorbonne
1534 : Publication de Gargantua, l'histoire du père de Pantagruel - 1543 : nouvelle censure après la mort de Du Bellay et Geoffroy d'Estissac, amis et protecteurs de Rabelais.

L'histoire folklorique du géant avait déjà donné lieu à la publication d'ouvrage imprimés, dont La grande et merveilleuse Vie de très puissant et redouté Roi de Gargantua vers 1533. Rabelais s'y inspire en y mêlant les thèmes favoris des humanistes : éducation, politique, morale.

 Si les ouvrages de Rabelais ont été de grands succès à l'époque, ils n'en suscitèrent pas moins la censure et de violente condamnation.

Calvin : " Voici un rustre qui aura des brocards vilain contre vilains contre l'Ecriture Sainte. Ce sont des chiens enragés qui dégorgent leurs ordures à l'encontre de la majesté de Dieu. "

La Bruyère : " Marot et Rabelais sont inexcusable d'avoir mené l'ordure dans leurs écrits : tous deux avaient assez de génie et de naturel pour pouvoir s'en passer. "

 Voltaire : Ce n'est qu'à partir du XVIIIe siècle que les jugements à l'égard de Rabelais évoluèrent : " Il faut avouer que c'est une satire sanglante de l'Eglise, et de tous les événements de son temps. Il voulut se mettre à couvert sous le masque de la folie. "